Отличительной чертой транспортной системы Японии, по сравнению с другими странами, является большая степень зависимости от железных дорог. Железнодорожным транспортом осуществляется более 52 % общих пассажирских и грузовых перевозок (на конец 1992 г.). Кроме того, сегодня железнодорожный транспорт находится в начале качественно нового этапа развития. Последовательно проводятся расширение и модернизация дорожной сети, увеличиваются объемы использования поездов на магнитной подушке, быстрыми темпами растет компьютеризация подвижного состава, удалось добиться сокращения времени перевозок (особенно пассажирских) за счет разветвления сети сверхскоростных магистралей. Специальные планы развития городского транспорта предусматривают также сокращение расходов на содержание городского железнодорожного транспорта за счет создания дополнительных магистралей и переноса части пассажиропотока на автобусные линии и метро. Кроме Токио, метро также существует и в 8 других городах Японии, включая Осака и Нагоя.
