Университеты не подчинялись местным властям, самостоятельно избирали главу – ректора, определяли состав преподавателей и имели право судить своих членов. Университеты обычно состояли из четырёх факультетов. Низшим – подготовительным – был факультет «искусств», или «артистический», на котором изучали «семь свободных искусств». Проучившись пять–семь лет и окончив его, можно было поступить на старшие факультеты – богословский, юридический и медицинский. Обучение в университетах также велось на латыни. Изучив за два-три года тривиум, школяр получал степень бакалавра, а ещё через несколько лет, после постижения квадривиума, – степень магистра. Высшей была степень доктора.
