Патриарх был заменён на Святейший Правителствующий синод (созвучие с сенатом не случайно), который контролировал светский обер-прокурор (аналог генерал-прокурора в сенате). Кроме того, доходы монастырей передавались в государственную казну. Священники стали получать жалование из казны и других источников дохода не имели. За это, например, они должны были доносить, если на исповеди услышали про что-то, угрожавшее спокойствию государства. То есть тайна исповеди упразднялась. Таким образом, служители церкви становились фактически особыми чиновника, частью государственного аппарата.
