10 (18) мая 1330 года Иван Данилович Калита на месте деревянного храма поставил второй на Москве каменный собор (после Успенского) — четырёхстолпный и трёхапсидный, размером примерно 11 на 11 метров. Его освятил митрополит Феогност. Собор был расписан на средства великой княгини Анастасии, мастером Гойтаном с греческими и русскими учениками. Иван Данилович основал Кремлевский Спасский монастырь, переведя в него архимандритию из Данилова монастыря. Первым архимандритом монастыря стал Иоанн, впоследствии архиепископ ростовский. Перед смертью Калита принял иноческий постриг в Спасском монастыре.
Полное название церкви — Собор Спаса Преображения на Бору. Это монастырский собор, располагавшийся в Московском Кремле, во дворе Большого Кремлёвского дворца. Название «на Бору» произошло от окружавших храм хвойных лесов, давших название и самому Боровицкому холму. Сама история праздника Преображения Господня предполагает наличие горы или холма, поэтому храмы, посвящённые этому празднику, стараются строить на возвышенности. Стоял он на том месте, где, по преданию, стояла в чаще бора низкая хижина, в коей спасался отшельник Букал.
