Под электронным микроскопом клетки цианопрокариот похожи на бактерии. Однако есть существенное отличие: в клетках цианопрокариот находятся уплощенные мембранные мешочки, в которые встроены молекулы хлорофилла. Они имеют хлорофилл, но не имеют хлоропластов. Они делают всю клетку цианопрокариот похожей на отдельную органеллы растительной клетки - хлоропласт.
