Я знаю что этот вопрос далеко не по школьной программе... но очень хочется знать

почему некоторым мужчинам не комфортно, когда при диалоге с женщиной, женщина стоит, а сам мужчина сидит?
​

Вполне по школьной программе...

По этикету, мужчина не может сидеть, если дама стоит. Он может сесть только после того, как предложит или ей сесть.

Поэтому некомфортно должно быть не "некоторым мужчинам" в такой ситуации, а всем мужчинам, если они такую ситуацию допустили.