Все современные отделы водорослей возникли в протерозое более 800 млн. лет назад от различных групп одноклеточных организмов, преимущественно – от различно окрашенных жгутиковых. Происхождение водорослей обычно связывают с поглощением эукариотической аэробной клеткой цианобактерий, которые стали хлоропластами. Обитая в более или менее постоянных условиях в водоемах, водоросли мало изменились, и современные водоросли похожи на древние формы.
