Ранее круглоротых рассматривали как класс, а миног и миксин — как отряды. Однако некоторые морфологические исследования указывали на то, что миноги ближе родственны челюстноротым, чем миксинам, и таким образом, круглоротые — парафилетическая группа. Эта версия получила широкое распространение, и миног с миксинами стали относить к разным классам, а иногда и инфратипам[1][2]. В ряде последующих работ эти результаты были признаны некорректными, а морфологические данные — не позволяющими сделать выбор между парафилетичностью и монофилетичностью круглоротых. Молекулярные данные говорят об их монофилетичности[
