Можно ли утверждать,что рефлекс лежит в основе инстинкта?

Это верное утверждение. Инстинкт - это последовательное, рациональное поведение без осознания его непосредственных предпосылок, характеризующееся последовательной чредой срабатывания определённых рефлексов, переходящих один в другой.