Роль протистів в житті природи дуже значна. У водоймах вони харчуються бактеріями і гниють органічними залишками, очищаючи воду (санітарна роль), а також самі є їжею для багатьох тварин, відіграють велику роль у грунтових процесах. Мешканці товщі води океанів - форамініфери (з вапняними раковинами), радіолярії (з кремнієвим скелетом), коколіти (з джгутикових, що мають вапняний панцир) - відмираючи, утворюють на дні потужні відкладення вапняних і кремнієвих порід, що входять до складу земної кори. Крейда, наприклад, складається на 90-98% з панцирів коколітофорид. Викопні Найпростіші використовуються в стратиграфії осадових порід при визначенні віку відкладень, що особливо важливо при пошуку корисних копалин. Наявність серед одноклітинних протистів колоніальних форм зі спеціалізованими функціями клітин дозволяє припустити походження багатоклітинних організмів від одноклітинних.
