Строение пищеварительного тракта непарнокопытных сильно отличается от его строения у парнокопытных, которые также являются растительноядными животными. Непарнокопытные, как и грызуны, переваривают пищу главным образом в толстой кишке. В отличие от парнокопытных, желудок у представителей непарнокопытных однокамерный и построен относительно просто. Пищеварение проходит в очень крупном аппендиксе, который у лошадей вмещает до 90 л, и в двухпетельной ободочной кишке.Кишечник очень длинный и может достигать у лошадей 26 м.
