Излюбленные места обитания окуня вне времени миграций в озерах — подводные откосы островов, каменистые луды и затопленные гряды, площади около лежащих на дне крупных камней и коряг, глубокие обрывистые участки с твердым грунтом. В реках окунь обычно обитает в глубоких ямах, в местах с замедленным течением, а при значительном течении предпочитает держаться за мысом. Охотно стоит вблизи свай мостов, затопленных деревьев, кустов и коряг, под плотинами — в стороне от водной струи, на тихом обратном течении, а когда прекращается сброс воды, приближается к месту слива и заходит под настил. Встречается под плотами, стоящими на приколе, под мостами пристаней, около долго стоящих барж, под крутоярами на тихом течении и у берегов с деревьями, нависшими над водой. В больших водоемах любит заводи, местами заросшие водной растительностью. Здесь группируется в большие стаи и часто преследует малька, укрывающегося среди растительности. Присутствие окуня сказывается на поведении малька. Он от преследований окуня, рассыпается у поверхности воды в разные стороны: вода покрывается рябью, словно от горсти брошенного песка. Собравшись в большую стаю, окуни преследуют малька с характерным «чавканием». Малек разбегается, уходит в травянистые заросли, а окуневая стая прекращает охоту и медленно разбредается с тем, чтобы сгруппироваться в новом месте.
