Спорангии папоротников собраны в сорусы, расположенные на вайях, а спорангии плаунов собраны в спороносные колоски. Гаметофит папоротника представлен зеленым автотрофным заростком, а гаметофит плауна - бесцветный гетеротрофный заросток развиваться только в симбиозе с определенными группами грибов, крупнее заростка папоротника примерно в 5 раз. В стадии гаметофита плаун находится около 13 лет, тогда как у заростка папоротника этот период ограничивается одним сезоном. Также, стебли плаунов, как правило, приземистые и стелющиеся, а стебли папоротников вовсе укороченные и слабо развиты. Помимо этого, они растения отличаются типом ветвления, у плаунов оно дихотомическое, а у папоротников больше напоминает розетку.
