В ходе эволюции у животных сформировалась система взаимодействующих пищеварительных органов. При этом основные отделы пищеварительного тракта дифференцировались на участки, обеспечивающие более полное расщепление и всасывание пищи. Появились специализированные пищеварительные железы. Наибольшая дифференциация пищеварительной системы наблюдается у хордовых. Большинство хордовых имеют челюсти и зубы, что обеспечивает захват, удержание и механическую обработку пищи (у млекопитающих). Желудок имеет развитую мускулатуру стенок, с которой происходит перемешивание, а у птиц ещё и перетирание пищи. Кишечник подразделён на отделы: тонкую кишку, толстую кишку и заднюю (прямую) кишку, открывающуюся в клоаку, как у земноводных, пресмыкающихся и птиц.
