Почему один и тот же отдел называют двумя разными названиями: покрытосеменные или цветковые?

Так как этот отдел имеет два важнейших ароморфоза, позволивших ему эволюционно превзойти все остальные отделы растений и занять господствующее положение в биосфере.
1) Семена, защищенные (покрытые) околоплодником.
2) Особый орган генеративного размножения - цветок, в завязи которого, при опылении, происходит двойное оплодотворение, в результате которого образуется зародыш и питательная ткань - эндосперм.

Основная особенность этой группы - наличие цветков и покрытосемянность.
чаще их называют покрытосеменными, но никакой разницы нет.