Концептуально, эти понятия одинаковые, они обозначают совокупность всех организмов и среды их обитания, но дело в том, что экосистемой может служить и капля воды и вся биосфера, а у биогеоценоза есть определенные границы, причем, эти границы обуславливаются границами растительного сообщества. То есть, любой биогеоценоз может служить экосистемой, но не любую экосистему можно назвать биогеоценозом
