Водоросли имеют разную окраску: зеленую, бурую, красную, зеленовато-синюю. Это зависит от набора пигментов, содержащихся в хроматофорах. У всех водорослей есть хлорофилл. Кроме хлорофилла они могут содержать дополнительные пигменты: бурые, красные, желтые, синие. Обычно ближе к поверхности водоема обитают водоросли зеленой окраски, а на глубине они сменяются бурыми и красными.
Спектр солнечного света состоит из 7-ми цветов. Так как длина цветовых волн разная, то проникающая на различную глубину разная, а следовательно, меняется и цвет.
