Почему стебель, листья и почки объединяют в один орган? ответьте

Потому что они классификацируются как побег

Побег — это стебель с расположенными на нем листьями и почками.

Но не всегда их объединяют в один орган, иногда их рассматривают по отдельности, но в вашем случае - это побег