Почему в предложении how much milk did she drink пишится drink а не drank

Потому что в вопросе уже стоит слово did, оно в а второй глагол, в нашем случае drink будет в настоящем

Потому что это вопрос в времени
Did (которое у тебя стоит) будто "съедает" форму drink
Допустим, Did you drink it ?
 Если в вопросе стоит did, то это уже сразу знак для тебя!! Что дальше должна стоять форма инфинитива)