Почему во 2 случае после What есть вс глагол, а во 1 нет? What facilities does the hotel have?
What are the working hours of the museum?

Во втором случае после What используется вс глагол, и вопрос образуется по обычной схеме:What+вс глагол(в данном случае to be)+S(подлежащее) и другие члены предложения...

В первом случае тоже есть вс глагол, но он не стоит после What.

Итак: в английском языке есть вопросительные конструкции, состоящие из двух слов(в данном случае-это "What facilities"). Важно помнить, что вопросительное и уточняющее слова в вопросе не разделяются, и вся конструкция ставится в начало предложения.